Galápagos enfrenta varios retos en el aspecto de la conservación y la sostenibilidad. Actualmente más del 20% de las especies de plantas endémicas y 50 por ciento de las especies de vertebrados se consideran en peligro de extinción. Ciertos problemas se vienen arrastrando de épocas anteriores, como por ejemplo la excesiva caza de las tortugas y la destrucción de las praderas altas para crear zonas agrícolas, pero otras han adquirido mayor importancia en los últimos 50 años.
La población humana y la economía local han aumentado rápidamente, con un crecimiento mal administrado y no sostenible. Mientras tanto, los conflictos por los limitados recursos son un obstáculo para la acción local de colaboración.
Por otra parte, se ha llegado a considerar que las especies invasoras suponen el mayor riesgo para la biodiversidad nativa terrestre. Entre los demás retos, se cuentan la excesiva recolección de los recursos naturales del mar, el cambio climático y la contaminación. La facilidad creciente de los viajes internacionales y la popularidad de Galápagos como destino turístico significan que el turismo en sí, que antes se veía únicamente como un beneficio para la conservación de Galápagos, también forma parte del problema.
Aunque en los últimos cincuenta años, la FCD y el Parque Nacional de Galápagos han abordado dichos problemas con muchísima eficacia, todavía queda mucha labor preventiva y de restauración por hacer. Todos esos retos deben abordarse con prontitud, de forma integral y estratégica si se desea que Galápagos sobreviva hasta el siguiente siglo.