Se han introducido en las islas tres especies de reptiles, todos gecos. En 1997-1998, un año en que El Niño trajo muchas lluvias, se introdujeron los anfibios, con la llegada de las tres ranas arbóreas Scinax quinquefasciata.
Las tres especies de gecos que han sido introducidas en Galápagos son Phyllodactylus tuberculosus, Phyllodactylus reissi, y Lepidodactylus lugubris).
Galápagos tiene seis especies endémicas de geco. Los estudios indican que los gecos introducidos no representan una amenaza grave para las especies endémicas, con la excepción del Phyllodactylus reissi, que podría estar desplazando a la especie endémica Phyllodactylus galapagoensis. El geco P. reissi tiene el cuerpo más largo y pone más huevos. Tanto el endémico P. galapagoensis como el introducido P. reissi se alimentan de mariposas de la luz.
La rana arbórea Scinax quinquefasciatus – especie introducida — apareció en Galápagos a fines de la década de los ‘90. Las poblaciones han aumentado, aunque por la sequía, las ranas se han mantenido en lagunas de Puerto Villamil y cercanías, en la isla Isabela. Es importante monitorear a las ranas para detectar si se están extendiendo a otras zonas.
Entre los métodos que están investigando los científicos de la FCD para el control de las ranas arbóreas se cuenta el de aumentar la salinidad de las lagunas costeras. Los resultados de la investigación indican que las ranas no pueden tolerar la salinidad de más de un 14% de agua salada. Sin embargo, antes de aplicar dicho método es necesario evaluar los efectos que el aumentar de la salinidad pueda tener en las especies no objetivo, como son los peces y los invertebrados que comparten esas lagunas. Muchas de dichas especies son endémicas de Galápagos.
También será necesario investigar otros métodos para dar soluciones prácticas cuando no se pueda aumentar la salinidad.