El Plan Estratégico de la FCD identifica las áreas prioritarias de investigación para dar apoyo a la gestión de Galápagos, y el Plan de Negocios describe cómo se realizará la investigación.
Dichas prioridades están en constante análisis, y en 2006, FCD está realizando, o buscando activamente financiación para lo siguiente:
- Inventarios completos de especies de plantas en las Islas Pinta, Santiago, Santa Cruz, San Cristóbal, Floreana, y Marchena.
- Inventarios completos de líquenes, musgos, hepáticas y hongos (entre ellos patógenos)
- Emplear la paleobotánica (el estudio de fósiles de plantas y vegetación antigua) para investigar el origen de las especies y establecer si tienen categoría de plantas nativas
- Aumentar las colecciones de grupos de invertebrados en sitios prioritarios
- Completar listas de verificación de invertebrados nativos Lepidoptera (especies de mariposas y polillas) y Hymenoptera (grupo amplio de insectos que comprende a las abejas, las avispas y las hormigas)
- Con participación de la comunidad, completar el inventario de los invertebrados introducidos en Santa Cruz
- Estudio de la langosta espinosa
- Estudio del pepino de mar
- Vegetación en las islas Santiago, Pinta, Santa Fe y Española
- Especies Scalesia
- Salud del lobo de mar
- Iguanas terrestres en las Islas Fernandina, Isabela, Santa Cruz y Seymour Norte
- Mortalidad de las aves en el camino Puerto Ayora - Baltra, isla Santa Cruz
- Mortalidad de las aves por enfermedades y parásitos
- Plan de monitoreo participativo para la Reserva Marina de Galápagos
Crear mecanismos y modelos para la investigación
- Publicar un Libro Rojo de Datos (una publicación de la Lista Roja de Especies Amenazadas de la Unión Mundial para la Naturaleza (UICN) de especies de plantas de Galápagos en peligro
- Evaluar las plantas introducidas para ver su capacidad invasora utilizando el sistema de Evaluación de Riesgo de Malezas (WRA por sus siglas en inglés)
- Biología e historia natural del pepino cachudo Stichopus horrens
- Salud de la especie tortuga de mar
- Zona de distribución y movimientos de migración del tiburón Galápagos y del tiburón martillo
- Dinámica y reclutamiento de metapoblación de la langosta espinosa
- Dinámica y reclutamiento de población de chitones
- Importancia de los manglares como criaderos
- Plantas en peligro crítico:
- 7 Asteraceae incluidas 5 Scalesia (margarita de Galápagos), y 1 aster de Darwin
- 3 Rubiaceae (incluido, cafetillo)
- 2 Cactaceae (opuntias)
- 2 Euphorbiaceae
- 2 Escrofulaceae (incluido Dragoncillo de Galápagos)
- 2 Verbenaceae (supirosa de Galápagos)
- Una dentro de las familias Caryophyllaceae, Cucurbitaceae, Lamiaceae, Linaceae (Lino de Floreana), Portulaceae (Calandrina), Amaranthaceae, Cyperaceae y Ochidaceae (orquídea)
- Atlas polínico de las plantas endémicas
- Estudio de las invasoras cascarilla roja para dar apoyo a la planificación en el Parque Nacional Galápagos
- Toxinas empleadas en las zonas agrícolas y cómo afectan a la salud de las aves
- Tiburón de punta blanca (Tintorera)
- Tiburones ballena
- Plan de gestión para la cascarilla
- Control biológico de la mora, la cascarilla y la guayaba
- Control biológico de las hormigas coloradas y las avispas
- Recuperación de la Scalesia de Puerto Ayora, Scalesia affinis y el lecocarpus (Lecocarpus lecocarpoides), y todas las plantas en peligro crítico