El acuerdo formal de la FCD con el Gobierno de Ecuador le da un papel único en la conservación internacional. Esa responsabilidad significa trabajar estrechamente con las instituciones de Galápagos y del Ecuador, proporcionando asesoramiento técnico basado en la investigación científica para moldear sus decisiones sobre la conservación en Galápagos . La capacidad de FCD de convertir los datos científicos en asesoramiento práctico y recursos para las autoridades gubernamentales encargadas de tomar las decisiones ha garantizado su presencia y participación activa en importantes organismos decisorios regionales.
El diálogo constante con los socios locales permite que FCD identifique cambios necesarios en leyes o en políticas. La participación de actores locales asegura una participación y una aceptación más eficaz de la investigación de FCD.
FCD también ofrece asesoramiento sobre políticas y prácticas internacionales que tienen repercusión en la conservación de Galápagos, sobre todo en las áreas del turismo y de la industria pesquera.
Finalmente, FCD ayuda a preparar planes de emergencia regional para encarar los desastres producidos por el hombre, los impactos del cambio climático, las especies invasoras y otros desafíos.